Betriebsprüfung in der Zahnarztpraxis

Unser Spezialwissen: 6 zentrale Fragen zur steuerlichen Betriebsprüfung

Wenn das Finanzamt anklopft, rutscht das Herz oft erst mal in die Hose. Gerade Zahnarztpraxen stehen seit einigen Jahren verstärkt im Fokus der Finanzverwaltung. Betriebsprüfungen erfolgen dabei zunehmend digital und datenbasiert. Wir finden: Eine Betriebsprüfung ist kein Grund für Sorgen oder schlaflose Nächte, sondern eine zusätzliche Aufgabe, die Sie durch vorausschauende Steuerplanung einfach lösen. Wir beantworten Ihnen die Fragen, die sich Zahnärztinnen und Zahnärzte in diesem Zusammenhang häufig stellen, und unterstützen Sie gerne bei Ihrer nächsten Prüfung.

„Zahnarztpraxen haben steuerliche Besonderheiten, die die allgemeine Beratung oft übersieht. Unsere Aufgabe ist es, genau diese Risiken früh zu erkennen – bevor sie in einer Betriebsprüfung teuer werden.“

Fabian Weschenbach, Steuerberater und Partner

Viele Praxisinhaber verbinden Betriebsprüfungen mit Unsicherheit. 
Wir sehen sie als das, was sie sein sollten: 
ein strukturierter Prozess, den man mit der richtigen Vorbereitung souverän meistern kann.

1. Wie häufig werden Zahnarztpraxen geprüft?

Das Finanzamt stuft Zahnarztpraxen in der Regel als Klein- oder Mittelbetriebe ein. Bei Großbetrieben prüft es lückenlos, andere Betriebe wählt es gezielt oder im Rahmen des Risikomanagements aus. Wichtig: Eine Prüfung ist nicht zwingend ein Misstrauensvotum, sondern häufig eine systembedingte Zufallsauswahl. 

  • Aufnahme oder Ausscheiden eines Partners oder einer Partnerin
  • Praxisverkauf
  • Zusammenschluss zu einer Berufsausübungsgemeinschaft (BAG)
  • Auffälligkeiten in Umsatz- oder Gewinnentwicklungen
  • Branchenspezifische Prüffelder
  • Zufallsauswahl

2. Ist eine Betriebsprüfung ein Risiko für mich?

Nicht zwingend. Eine sauber abgeschlossene Prüfung schafft Rechtssicherheit, Klarheit über steuerliche Sachverhalte sowie Planungssicherheit und stoppt die Verzinsung möglicher Nachforderungen. Gleichzeitig können Prüfungen natürlich zu Steuermehrbeträgen führen, die mehrere Jahre betreffen und sich auch auf Folgejahre auswirken. Entscheidend ist daher die Vorbereitung.

3. Welche Bereiche werden bei Zahnarztpraxen besonders geprüft?

Erfahrungsgemäß stehen folgende Themen im Fokus:

Umsatzsteuerliche Leistungen

Typische Prüffelder sind:

  • Eigenlabor
  • kosmetisches Bleaching
  • Zahnschmuck
  • Prophylaxeshop
  • Vortrags- oder Lehrtätigkeiten
  • Überlassung von Geräten
  • Leistungen an andere Praxen

Die Abgrenzung zwischen steuerfreien Heilbehandlungen und umsatzsteuerpflichtigen Leistungen ist hier zentral.

Überschreiten Sie im Eigenlabor die Kleinunternehmer-Umsatzgrenzen, kann eine rückwirkende Umsatzsteuerpflicht entstehen. Besonders kritisch ist, dass diese oft unbemerkt eintritt, wenn Sie die Laborumsätze nicht kumuliert überwachen.

Auch wenn Zahnarztpraxen keine klassischen Bargeldbetriebe sind, prüfen Finanzämter die korrekte Erfassung von Bareinnahmen, die Vermeidung von Kassenminus, die vollständige Erfassung von EC-Zahlungen und die Behandlung von Privatleistungen. Fehler entstehen hier nämlich häufig aus organisatorischen Unklarheiten.

Wichtig ist die korrekte zeitliche Zuordnung der Quartalsabrechnungen. Bei Einnahmen-Überschuss-Rechnern gilt der Zuflusszeitpunkt, nicht der Behandlungszeitpunkt. Fehler bei der Erfassung können über mehrere Jahre erhebliche Auswirkungen haben.

In Berufsausübungsgemeinschaften besteht das Risiko der sogenannten gewerblichen Infizierung. Typische Risikofelder sind zum Beispiel gewerbliche Laborumsätze für Dritte, ein Prophylaxeshop, Photovoltaikanlagen mit Einspeisung, unklare Praxisgemeinschaftsmodelle oder eine fehlende fachliche Leitung. Stellt der Prüfer oder die Prüferin eine gewerbliche Tätigkeit fest, kann dies zu einer zusätzlichen Gewerbesteuerbelastung führen. Insbesondere in Gemeinden mit hohem Hebesatz.

4. Wie läuft eine Betriebsprüfung ab?

Eine Betriebsprüfung beginnt mit einer Prüfungsanordnung. Heute erfolgen Prüfungen regelmäßig digital. Dabei fordert der Prüfer oder die Prüferin in der Regel folgende Informationen an:

  • Datenzugriff auf Praxissoftware
  • Auswertungen zu Leistungen
  • Verfahrensdokumentation
  • Informationen zu Softwareeinsatz und Bedienungsstruktur
  • Darstellung des Leistungsspektrums

Auch die Internetpräsenz der Praxis kann eine Rolle spielen. Insbesondere bei angebotenen Selbstzahlerleistungen.

5. Wie bereite ich mich optimal vor?

Grundsätzlich empfehlen wir, die Prüfung – wenn möglich – in unseren Kanzleiräumen durchzuführen. Das reduziert Störungen im Praxisbetrieb und verhindert unnötige Missverständnisse. Eine strukturierte Vorbereitung umfasst hierfür:

  • Prüfung der Homepage auf umsatzsteuerlich relevante Aussagen
  • Überprüfung der Verfahrensdokumentation
  • Sicherstellung vollständiger und nachvollziehbarer Datensätze
  • Klärung der Frage, wie Rechnungen korrigiert oder storniert werden
  • Prüfung der Eigenlaborstruktur

Eine gut geleitete Betriebsprüfung beginnt nicht mit dem Schreiben des Prüfers, sondern mit klaren Prozessen, sauberer Struktur und einer Steuerberatung, die Zahnarztpraxen wirklich versteht. Genau dafür sind wir zur Stelle.

6. Was passiert nach der Prüfung?

Nach dem Prüfungsabschluss erfolgen eine Schlussbesprechung und ein Prüfungsbericht. Letzterer bildet die Grundlage für die Änderung der Steuerbescheide. Gegen die geänderten Bescheide ist weiterhin der Einspruch möglich. Je nach Ergebnis kann eine Anschlussprüfung folgen oder eine verstärkte Beobachtung in den Folgejahren stattfinden.

Schluss mit Albträumen: Ihre Betriebsprüfung als Teil einer guten Steuerstruktur

Eine Betriebsprüfung ist kein isoliertes Ereignis. Sie zeigt, ob Strukturen sauber aufgebaut sind. Wer klare Prozesse hat, seine Praxissoftware versteht, umsatzsteuerliche Risiken kennt, gewerbliche Tätigkeiten sauber trennt und seine KZV-Abrechnung korrekt einordnet, reduziert Risiken erheblich. Wir begleiten unsere Mandantinnen und Mandanten

  • bei der Vorbereitung,
  • während der gesamten Prüfung,
  • in der Schlussbesprechung,
  • bei Einspruchsverfahren und
  • gegebenenfalls in finanzgerichtlichen Verfahren.

So stellen wir sicher, dass Ihre Betriebsprüfung nicht zu dem Albtraum wird, für den ihn viele halten. 

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Gut vorbereitet in die Betriebsprüfung

Wenn Sie Ihre Praxis prüfungssicher aufstellen möchten, sind wir der richtige Ansprechpartner an Ihrer Seite. Wir begleiten Sie bei der Vorbereitung und über den gesamten Prozess hinweg. Zuverlässig, transparent und auf Augenhöhe.

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